Lưu Dụ trấn áp Kinh Châu thứ sử Lưu Nghị, bề ngoài lấy Gia Cát Trường Dân làm Giám lưu phủ, tổng nhiếp hậu sự, nhưng đánh tiếng e ngại ông ta không thể một mình đảm nhiệm, để Mục Chi ở lại giúp đỡ; bên trong Dụ cho Mục Chi gia hiệu Kiến uy tướng quân, được phép cắt đặt tá lại, tăng cường binh lực. Trường Dân thấy Lưu Nghị bị trấn áp thì lo sợ, có ý muốn chống lại Lưu Dụ, nhưng còn do dự không quyết, tìm dịp hỏi Mục Chi rằng: “Mọi người nói rằng Thái úy và tôi bất hòa, sao lại như vậy?” ông đáp: “Thái úy đi xa chinh phạt, đem mẹ già con thơ gởi cho ngài, nếu có chút gì không bằng lòng, sao lại làm thế?” Trường Dân mới tạm an tâm. Sau khi Lưu Dụ ban sư, bèn giết chết Trường Dân.

Năm thứ 10 (414), được tiến làm Tiền tướng quân, cấp cho phủ Tiền quân hằng năm vạn xúc vải, 300 vạn tiền.

Năm thứ 11 (415), Lưu Dụ trấn áp Kinh Châu thứ sử Tư Mã Hưu Chi, lấy em trai Trung quân tướng quân Lưu Đạo Liên làm Tri lưu nhiệm, nhưng mọi việc lớn nhỏ đều do Mục Chi giải quyết. Được thăng Thượng thư hữu bộc xạ, Lĩnh tuyển, Tướng quân, Doãn như cũ.

Năm thứ 12 (416), Lưu Dụ bắc phạt Hậu Tần, để con trưởng là Lưu Nghĩa Phù ở lại làm Trung quân tướng quân, Giám thái úy lưu phủ; chuyển Mục Chi làm Tả bộc xạ, Lĩnh Giám quân, Trung quân 2 phủ quân tư, Tướng quân, Doãn, Lĩnh tuyển như cũ. Mục Chi được đem 500 giáp sĩ vào Điện, vào ở trong Đông thành [4]. Lực lượng của phủ Tiền quân lên đến 2 vạn người.

Mục Chi bên trong tổng lý sự vụ triều chánh, bên ngoài cung ứng lương hướng quân đội, mà vẫn quyết đoán trôi chảy, không có chỗ nào ách tắc. Bấy giờ nhà Mục Chi đầy thềm chật phòng là người: khách khứa thưa gởi, bộ hạ bẩm báo; ông mắt nhìn, tay viết, tai nghe, miệng nói, không việc gì không can thiệp, đều xử lý ổn thỏa. Trong lúc ấy có bạn bè đến thăm viếng, Mục Chi dẫu cả ngày bận rộn, vẫn cười đùa vui vẻ, chẳng tỏ ra mệt mỏi. Có lúc rảnh rỗi, Mục Chi luyện tập thư pháp, tìm đọc kinh sử, hiệu đính thư tịch.

Năm thứ 13 (417), Mục Chi phát bệnh nặng. Ngày Tân mùi tháng 11 ÂL, mất, hưởng thọ 58 tuổi.